Las cebollas son criaturas planta-animal, al igual que los Pikmin. Sirven tanto como hogar para los Pikmin como su principal forma de reproducción, desempeñando un papel similar al de una reina de las hormigas. Cuando están en tierra firme, absorben las píldoras y el néctar cristalizado que caen cerca y utilizan sus nutrientes para producir semillas de Pikmin de su mismo color. Las cebollas también son capaces de almacenar una cantidad casi ilimitada de Pikmin, manteniéndolos a salvo de los peligros y pudiendo incluso volar y moverse con ellos.

Las cebollas son una parte central de la producción y gestión de los Pikmin, por lo que deberás aprender dónde encontrarlas y cómo controlarlas.